Bronx, 1964. Sur la foi du témoignage nébuleux de la douce Soeur James, institutrice sous ses ordres, l'acariâtre Soeur Aloysius, directrice d'une école catholique, se convainc que le père Flynn entretient une relation interdite avec Donald, le premier élève afro-américain admis dans l'établissement.
Ni les doutes de la jeune enseignante, ni les protestations du prêtre charismatique, aux méthodes pédagogiques radicalement opposées à celles prescrites par Soeur Aloysius, ne parviennent à détromper cette dernière. Débute alors un duel entre la directrice et le prêtre, dont l'enfant ne serait plus que le prétexte et Soeur James, le malheureux témoin.