Des scientifiques américains ont mis au point un sérum qui permet d'éliminer complètement et instantanément le gène qui confère à des milliers de citoyens des pouvoirs hors du commun. Présenté par le gouvernement comme l'antidote d'une maladie héréditaire, cette découverte est offerte sur une base volontaire aux mutants, divisés sur la question.
Ainsi, de nombreux leaders de cette communauté tentent de faire valoir que leur condition n'est pas une maladie et qu'ils doivent être acceptés tels qu'ils sont par la société.
Mais alors que les mutants pacifiques rassemblés autour du professeur Charles Xavier prônent un règlement diplomatique du conflit, son rival Magneto et ses disciples préparent une rébellion sanglante.