La guerre fait rage entre la République, défendue par une armée de clones, et les forces séparatistes, appuyées par des troupes de soldats droïdes. En plein milieu d'un affrontement, le chevalier Jedi Anakin Skywalker reçoit la mission de retrouver le fils kidnappé de Jabba le Hutt. La République a en effet besoin d'une alliance avec ce puissant criminel pour sécuriser les circuits commerciaux à travers la galaxie.
Flanqué d'une jeune apprentie, la dégourdie Ahsoka Tano, l'impétueux Anakin part à la recherche de l'enfant disparu, pendant que son collègue Obi-Wan Kenobi entame les négociations avec Jabba. Or, ce dernier se méfie, préférant croire le séparatiste comte Dooku qui accuse les Jedi d'être les kidnappeurs, alors que c'est lui qui a planifié ce rapt, avec la complicité de la redoutable tueuse Asajj Ventress.