Le jeune empereur inca Kuzco règne avec arrogance sur ses sujets. Pour se venger de l'égocentrique souverain qui l'a cavalièrement congédiée, sa conseillère Yzma tente de l'empoisonner, mais elle le transforme plutôt en un lama parlant.
Grâce à Kronk, l'imbécile serviteur d'Yzma, le curieux animal réussit à fuir la cour, caché à bord du chariot du brave paysan Pacha. Lorsque celui-ci trouve son empereur ainsi humilié, il consent à lui venir en aide.
Commence alors pour ce duo mal assorti un périple mouvementé à travers la jungle afin d'échapper à la diabolique Yzma, qui cherche à éliminer Kuzco pour ensuite se proclamer impératrice.