En voulant se débarrasser du rat d’égout qui s’est introduit dans l’appartement de ses maîtres en vacances, Roddy, souris d’appartement, tombe dans son propre piège et se retrouve expulsé des lieux via la cuvette de la salle de bain.
Au terme d’une longue descente dans les entrailles de Londres, le tendre animal atterrit à Ratropolis, une société de rongeurs persécutée par un vilain crapaud qui fomente en secret leur extinction. Roddy, qui souhaite retrouver le chemin de sa cage dorée, obtient l’aide de Rita, une rate anarchiste activement recherchée par le crapaud.
Ses hommes étant incapables de mettre la main au collet de la rongeuse et de son protégé, le vilain dictateur appelle à la rescousse son cousin français, Le Frog.