Sur une petite île du Mississippi où ils ont mis le pied à la recherche d'un bateau perché dans un arbre, les adolescents Ellis et Neckbone font la connaissance de Mud, un fugitif qui squatte depuis quelque temps l'embarcation. Sa curiosité éveillée par cet étrange spécimen de la nature humaine, Ellis accepte de lui apporter de la nourriture puis, avec la complicité de Neckbone, de lui trouver les pièces manquantes qui lui permettraient de descendre le bateau de l'arbre et de le remettre à flot. Car Mud, beau parleur au coeur d'enfant, n'a qu'un projet: prendre le large avec Juniper, la jeune femme pour qui il a tué un homme violent, et qui vit en ville dans un motel surveillé par le frère de la victime. Bien que perturbé par son premier émoi amoureux et par la séparation imminente de ses parents, Ellis rend visite à Juniper, chargé d'un message de celui dont la tête est mise à prix.